Di questa situazione sembrano aver sofferto soprattutto i piloti, visto che, secondo la Panapress, di recente oltre 200 di loro hanno presentato le dimissioni «per protestare contro il mancato rispetto delle loro rivendicazioni finanziarie».
Nonostante questo contesto economico sfavorevole, l'azienda sostiene di trasportare ancora 8,4 milioni di passeggeri all'anno. Tra gli episodi che hanno visto protagonista la compagnia, il più drammatico risale al 1999, quando un volo EgypAir è precipitato nell'Atlantico al largo dell'isola di Nantucket, uccidendo 217 persone. Per le autorità americane, si trattò di un gesto deliberato del co-pilota, ma per quelle egiziane l'incidente fu dovuto a un problema meccanico. Lo scorso marzo, un aereo di linea è stato dirottato mentre volava sulla tratta tra Alessandria e il Cairo, ed è poi atterrato all'aeroporto di Larnaca, a Cipro. Si è trattato del gesto di un folle, senza legami con il terrorismo.