Personalità notissima al tempo della guerra civile in Nicaragua, assieme al fratello anche lui sacerdote e poeta Ernesto, Fernando Cardenal fu sospeso 'a divinis' per aver abbracciato la lotta armata con la quale il Comandante (e poi presidente) sandinista Daniel Ortega mise fine alla dittatura del dittatore Anastasio Somoza.
Già durante la fase sandinista, prima di essere ministro dell'istruzione tra il 1984 e il 1990, Cardenal promosse e coordinò una grande campagna di alfabetizzazione, che gli valse un riconoscimento mondiale da parte dell'Unesco. Nel 97, dopo aver ripetuto un anno di noviziato tra i diseredati del Salvador, a 63 anni Cardenal fu riammesso a pieno titolo nell'ordine dei gesuiti, da cui era stato espulso nel 1984 proprio per aver fatto parte del governo sandinista.